Los premios y distinciones recibidos por la obra Joan Manuel Gisbert, están ordenados de la siguiente manera: empezando por año del premio o distinción, seguido del nombre del mismo y finalmente título de la obra premiada o distinguida.
- 1979 Premio C.C.E.I. Escenarios fantásticos
- 1980 Premio Lazarillo El misterio de la isla de Tökland
- 1982 Lista de Honor del IBBY El misterio de la isla de Tökland
- 1983 Libro de Interés Infantil (Ministerio de Cultura) Leyendas del planeta Thámyris
- 1984 Premi de la Crítica Màgic concert i altres peces
- 1985 Premio Nacional de Literatura Infantil y Juvenil El museo de los sueños
- 1989 Premio Gran Angular La noche del eclipse
- 1990 Premio El Barco de Vapor El misterio de la mujer autómata
- 1992 Prix Sorcières (Francia) El guardián del olvido
- 1994 Distinción de la Jungenbibliothek de Munich Los espejos venecianos
- 1995 Premio Edebé La Voz de Madrugada
- 1997 Premio Cervantes Chico por el conjunto de la obra
- 1998 Distinción “Mejores libros del año” del Banco del Libro de Venezuela La mirada oscura
- 2000 Premio El Barco de Vapor El mensaje de los pájaros
- 2011 Premio Literatura Sierra Oeste de Madrid, al autor consagrado
Sus títulos Escenarios fantásticos y El guardián del olvido fueron seleccionados por la Fundación Germán Sánchez Ruipérez como dos de las cien mejores obras españolas del siglo XX en su campo.
También algunos otros de sus títulos, como El último enigma, El extraño adiós de Odiel Munro, El talismán del Adriático o El arquitecto y el emperador de Arabia, han figurado en la Lista de Honor del Premio C.C.E.I. y/o han obtenido reconocimientos o recomendaciones especiales en España, Francia, Italia, Japón, México, Argentina, entre otros países en los que sus obras han sido traducidos.
